Начало статьи, часть 1, часть 2
 
Одновременно с композиторской работой он много времени уделял расшифровке рукописей о. Павла Флоренского, занимался чтением особенно любимых книг из собранной им самим библиотеки, вел обширную многолетнюю переписку, причем это было не только общение с близкими людьми, но и поиск исторических сведений о некоторых духовных лицах. Часто общался с епископом Сергием (Голубцовым), жившим в Лавре на покое. Занимался воспитанием внуков, приезжавших из Москвы. Вслед за рассказами жены о своем отце, священнике Павле Флоренском, записывал ее воспоминания. Написал воспоминания о своем отце, священномученике Зосиме Трубачеве. С воодушевлением занимался он вместе с друзьями сына поиском на территории Черниговского скита захоронений К. Леонтьева и В. Розанова, участвовал в конференциях, посвященных о. Павлу Флоренскому. В эти годы он пишет и публикует в различных журналах исследования, связанные с изучением жизни и творчества великого мыслителя. Тогда же печатает исследование, посвященное богослужебной музыке. Собирая материал со слов очевидцев и современников, пишет об истории Уссурийской обители. Незадолго до смерти добивается получения документов, реабилитирующих его отца, протоиерея Зосиму, расстрелянного в Бутове, узнает подробности и дату его кончины. Добивается получения сведений о судьбе своего брата Алексея, не вернувшегося с войны и умершего от ран после боя в орловском госпитале в 1943 году.
С 1990 года Сергей Зосимович ухаживал за парализованной женой, стараясь не оставлять профессиональные занятия. Одновременно он стал помогать в клиросном пении и совершении богослужения в восстанавливаемом Черниговском скиту. Взять на себя обязанности постоянного регента, о чем мечтал всю жизнь, он уже не имел сил. Вместе с тем, когда возвращался из скита, расположенного километрах в пяти от дома, шел пешком, если отменяли автобус: сначала мимо леса, затем по Красюковке и Вифанской улице. Так продолжалось несколько лет. Однако Сергея Зосимовича смущало то обстоятельство, что, не имея архиерейского посвящения в богослужебный стихарь, он вынужден был в него облачаться, хотя это являлось некоторым нарушением церковного правила. Сергей Зосимович стал просить то одного, то другого из близко знавших его епископов совершить посвящение. Однако он получал отказ, поскольку никто из них не имел на это права, так как храмы Лавры находятся в каноническом подчинении Московского Патриарха. Тогда С.3. Трубачев решил обратиться с прошением к самому Патриарху, для чего требовалась характеристика духовника, архимандрита Кирилла (Павлова). Отец Кирилл, который в течение многих лет знал Сергея Зосимовича, убедил его писать прошение не о посвящении в стихарь, а о рукоположении в диаконский сан. С.3. Трубачев был рукоположен во диакона на второй день Преображения Господня, 20 августа 1995 года, в Покровском храме Московской Духовной академии Преосвященным Евгением, епископом Верейским, ректором МДА. Указом Патриарха Алексия II он был определен к служению в Троице-Сергиевой Лавре и ее скитах сверхштатным диаконом. Принятие священного сана было для о. Сергия давним и сокровенным желанием, на исполнение которого он не решался и не надеялся. Несмотря на состояние здоровья и 76-летний возраст, он старался служить во время сорокоуста как можно чаще. Об окружавших его людях говорил: «Молодой, глядя на меня, – смеется, старый – радуется». Совершение богослужения требовало напряжения всех его духовных и физических сил. Но именно в эти дни о. Сергий, будучи на протяжении жизни не только тихим и стеснительным, но и очень нервным по натуре человеком, был особенно ласков с близкими и исполнен пасхальной радости. Вскоре он приступил к созданию песнопения «Блаженны», которое стало последним его произведением. 14 октября 1995 года после традиционного акта и концерта в Московской Духовной академии, на котором исполнялись произведения о. Сергия, он более часа разговаривал с о. Матфеем, обсуждая самые различные вопросы церковного пения. Беседа друзей оказалась прощальной. 15 октября о. Сергий последний раз сослужил за Литургией в семинарском храме преподобного Иоанна Лествичника. После службы по дороге домой у него случился сердечный приступ. В ночь на церковную память мучеников Сергия и Вакха (7/20 октября) о. Сергий был увезен в больницу, где скончался 25 октября 1995 года.
На отпевание диакона Сергия в Успенском соборе Троице-Сергиевой Лавры, бывшее необыкновенным по своему торжественно-ликующему настрою и пению трех хоров (лаврского, академического и Регентской школы) под управлением архимандрита Матфея, собралось такое множество людей, какое обычно можно увидеть в дни церковных праздников. При выносе гроба из Лавры въезжавший в это время в монастырские ворота епископ Евгений остановился, чтобы еще раз отслужить литию. Под погребальный перебор колоколов увозили о. Сергия на Благовещенское кладбище, откуда Лавра видна как на ладони и слышны звуки лаврского благовеста. Там рядом с могилами матери и сестры Анастасии был погребен о. Сергий Трубачев.
Интерес к произведениям и личности диакона Сергия Трубачева по прошествии времени увеличивается.
В 1999 году, когда исполнялось 80 лет со дня его рождения, в Музее музыкальной культуры им. М.И. Глинки состоялся концерт с исполнением студенческим хором Свято-Тихоновского института под управлением Е.С. Тугаринова некоторых произведений о. Сергия, а также выставка, посвященная жизни и творчеству музыканта. Эта выставка была устроена затем в помещении Сергиево-Посадского государственного историко-художественного музея.
В том же 1999 году профессором Н.С. Гуляницкой в 3-м номере журнала «Музыкальная академия» была опубликована статья, в которой, в частности, говорится: «... Этот композитор ощущал "стиль церковный" изнутри, а не извне, и стиль его не только хорошо узнаваем, но и может быть описан в соответствующих эстетико-музыковедческих терминах; <...> композитор осуществил, поначалу невидимыми нитями, связь времен и внес свой многотрудный вклад в дело возрождения духовной культуры России». Творчеству диакона Сергия Трубачева посвящено также несколько страниц книги Н.С. Гуляницкой «Поэтика музыкальной композиции. Теоретические аспекты русской духовной музыки» (М., 2002).
В начале 2000-х годов в выпусках «Невельский сборник» было опубликовано исследование О.С. Никитиной-Трубачевой о становлении Сергея Зосимовича как музыканта, которое происходило при участии пианистки М.В. Юдиной. 7 июня 2001 года в Малом зале Московской консерватории мужским хором Московского подворья Троице-Сергиевой Лавры (регент В. Горбик) были исполнены песнопения Литургии, созданные о. Сергием. Они прозвучали также за богослужением в Лондонском кафедральном соборе 4 февраля 2007 года (регент Е. Тугаринов).
В 2005 году к 10-летию со дня кончины о. Сергия в Московской Духовной академии был устроен концерт с исполнением его сочинений. В том же 2005 году издательством «Прогресс-Плеяда» выпущена книга: «Диакон Сергий Трубачев. Избранное. Статьи и исследования». В 2006 году многие материалы об о. Сергии, а также его воспоминания о протоиерее Зосиме были опубликованы в журнале, посвященном бутовским новомученикам «Ныне и присно» (№3-4).
В 2006 году издательство «Музыка» осуществило выпуск нотного сборника диакона Сергия «Песнопения Литургии» (для мужского хора). Песнопения о. Сергия исполняются за богослужением, записаны на кассеты и диски и входят в репертуар многих хоров. Его сочинения распространяются в рукописном виде, а также публикуются в различных нотных сборниках. Настоящая публикация, являясь полным монографическим изданием сочинений диакона Сергия Трубачева, да послужит прославлению имени Божия, к чему была устремлена вся его жизнь.
 
Музыка дьякона Сергия Трубачева
Обработки дьякона Сергия Трубачева